Im Überschwemmungsbereich der Elbe nehmen Wälder nur noch eine geringe Fläche ein. In Niedersachsen sind jeweils etwa 50 Hektar dem Weich- und dem Hartholzauenwald zuzuordnen.

Die Weichholzaue besteht aus verschiedenen Weidenarten wie Silber-, Purpur oder Korbweide. Sie bildet zusammen mit den Hochstaudenfluren den Übergangsbereich vom Spülsaum zu den Stromtalwiesen. Meist ist sie nur als schmale, uferbegleitende Struktur ausgebildet.

Als charakteristische Baumart ist hier auch die Schwarzpappel vertreten, die als Forst- und als Parkbäume in vielen Arten und Hybridsorten kultiviert wird. Die Wildart ist jedoch gefährdet und kommt nur in den Tälern der großen Flüsse vor, da diese Pionierpflanze auf feuchte, periodisch überschwemmte Rohböden als Keimsubstrat angewiesen ist.

Auffällig sind hier auch einige Seidenarten, die als Schmarotzer auf verschiedenen Wirtspflanzen leben. Eine seltene Art ist die Pappelseide. Sie befällt Weiden und - wie der Name sagt - Pappeln. Ihre Früchte erinnern an schwarze Johannisbeeren.

Charakteristische Bäume der Hartholzaue sind Stieleiche, Flatterulme und Esche. Im Unterholz der Auenwälder findet man sogenannte"Schleierpflanzen". Sie ranken sich in der Strauchschicht empor und bedecken diese wie ein Schleier. Zu ihnen gehört der Taubenkropf, ein Nelkengewächs, dessen aufgeblasener Kelch an den gefüllten Kropf einer Taube erinnert.